Der Leiter der BZS überwacht die Arbeit der Disponenten und der im Servicebereich eingesetzten Mitarbeiter. An seinem Arbeitsplatz befinden sich neben den Datensichtgeräten zur Zuglaufüberwachung ein Drucker für die Betriebsstatistik und ein Dateneingabegerät zur Änderung von gespeicherten Fahrplandaten des IMS-Systems.

Im Juli 2001 wurde die BZS mit moderner Technik als Kernstück der „Service-Leit-Zentrale“ in neuen Räumen in Betrieb genommen. Gleichzeitig mit der Erneuerung des Betriebsführungssystems IMS („Informations- und Melde-System“) erfolgte der Austausch alter Fahrgastinformationsanlagen (Zuganzeiger, Notrufsäulen).

Örtliche Aufsicht (öA)
Von 1955 bis zur schrittweisen Einführung der Zentralen Zug-Aufsicht (ZZA) ab 1979 wurden in Hamburg die S-Bahn-Züge nicht mehr mit der „Kelle“ oder durch den Zuruf „Abfahren“ abgefertigt, sondern diese Aufträge durch am Ende des Bahnsteigs aufgestellte Signale übermittelt. Es erschienen ein weiß leuchtendes „T“ für den Türschließ- und ein grüner Kreis (Signal Zp9) für den Abfahrauftrag.

Ab 1979 wurde die Abfertigung der Züge auf Haltepunkten schrittweise an die Zentrale Zug-Aufsicht (ZZA) in Altona abgegeben. Lediglich an betrieblich oder verkehrlich bedeutsamen Haltestellen hauptsächlich im Innenstadtbereich oder Bahnhöfen mit elektromechanischen Stellwerken wurde die Zugaufsicht zunächst weiterhin durch das „Rotkäppchen“ ganztägig, zeitweise oder zu bestimmten Anlässen (Fußballverkehr) wahrgenommen:

Aufsicht durch Fahrdienstleiter (zeitweise bei hohem Verkehrsaufkommen durch zusätzlichen Mitarbeiter oder Übernahme der Abfertigung durch ZZA Altona): Poppenbüttel, Barmbek (über Monitore vom Stellwerk aus), Hasselbrook, Sternschanze, Othmarschen, Klein Flottbek, Hochkamp, Sülldorf (über Monitore vom Stellwerk aus), Harburg Rathaus (über Monitore vom Stellwerk aus; außerdem Abfertigung in Harburg und Heimfeld).

Reine Aufsicht ohne weitere betriebliche Aufgaben: Berliner Tor, Hauptbahnhof, Jungfernstieg, Landungsbrücken, Dammtor, Holstenstraße, Altona, Blankenese, Stellingen, Elbgaustraße und Harburg Rathaus (vom Bahnsteig aus).

Mit Einführung der „Selbstabfertigung durch den Triebfahrzeugführer“ (SAT) wurden neben der ZZA auch die restlichen örtlichen Aufsichten kontinuierlich weiter abgebaut: Seit dem 8. Februar 2006 sind nur noch am Hauptbahnhof, in Landungsbrücken und Stellingen betriebsfähige Anlagen für die örtliche Abfertigung vorhanden. Die einzige durchgehend besetzte örtliche Aufsicht befindet sich am Hauptbahnhof (Gleis 3/4), an den übrigen Stellen erfolgt nur tagsüber (Hauptbahnhof Gleis 1/2) oder bei besonderen Anlässen (Fußballverkehr, Hafengeburtstag) die Abfertigung der Züge durch eine Aufsicht vor Ort.

Beimänner und -frauen, Zentrale Abfertigung (ZAF) und Zentrale Zug-Aufsicht (ZZA)
Mitte der 1970er Jahre begannen erste Überlegungen zur Einsparung von Personal im Bereich der Zugabfertigung. Zu dieser Zeit war jede Station auf der Linie S1 von Poppenbüttel bis Wedel einschließich der „Verbindungsbahn“ über Dammtor und „City S-Bahn“ von Jungfernstieg bis Landungsbrücken noch mit einem Aufsichtsbeamten besetzt. Auf der Linie S2 übernahmen von Aumühle bis Rothenburgsort und Diebsteich bis Pinneberg auf den Führerständen der Züge mitfahrende „Beimänner“, häufig auch weiblichen Geschlechts, die Abfertigung.

Nach ersten Versuchen mit Spiegeln auf dem Bahnsteig und der Übertragung von Bildern einiger Bahnsteigkameras per Funk auf den Führerstand des Zuges wurde die Variante einer zentralisierten Abfertigung über Kameras und Monitore weiter verfolgt: Es entstand im März 1977 die erste „Zentrale Abfertigung“ (ZAF) der S-Bahn in Bergedorf für den Streckenabschnitt von Aumühle bis Rothenburgsort.

Jeder Bedienplatz wurde mit drei Monitoren ausgerüstet, auf denen sich die „Zentrale Aufsicht“ über ein entsprechend ausgestattetes Pult alle zum Abfertigen benötigten Bilder von der Bahnsteigkante anzeigen lassen konnte. Nach dem Fahrgastwechsel wurde per Tastendruck die Sprachspeicheransage „Zurückbleiben bitte“ ausgelöst und die am Ende des Bahnsteigs neu aufgestellten Abfertigungssignale für den Lokführer bedient. Außerdem konnte über ein Mikrofon der Bahnsteig individuell besprochen werden. Ist nach der Abfahrt noch eine Gefährdung z.B. durch einen aufspringenden Fahrgast eingetreten, bestand die Möglichkeit, den Zug mit einem „Nothaltauftrag“ über Zugfunk wieder anzuhalten.

Dieses System überzeugte nach zweijähriger Erprobung derart, dass ab 1979 die Abfertigung der Züge auf allen Strecken schrittweise von der neuen „Zentralen Zug-Aufsicht“ (ZZA) mit Sitz im Bahnhof Altona vorgenommen wurde und, von Stationen mit großem Fahrgastandrang einmal abgesehen, fast überall die Aufsichten überflüssig machte. Auch die probeweise ZAF in Bergedorf wurde in dieser Zeit geschlossen und die Abfertigung an die neue ZZA nach Altona übertragen.

Die ZZA war in sechs „Bereichszentralen“ nach den Ästen des S-Bahn-Netzes aufgeteilt:
Abhängig vom jeweiligen Verkehrsaufkommen verfügte der Bereich City (Strecken zwischen Hauptbahnhof und Altona über Dammtor und Jungfernstieg) über 4, Wedel über 2, Poppenbüttel über 4, Bergedorf, Harburg und Pinneberg über jeweils 3 Bedienplätze. Jeder Bedienplatz wurde mit drei bzw. vier Monitoren ausgerüstet und alle Abfertigungsvorgänge zur genauen Protokollierung gefährlicher Ereignisse auf Videoband aufgezeichnet. Anfang der 1990er Jahre ist die Anzahl der Monitore und Bahnsteigkameras zur Verbesserung der Sichtverhältnisse generell auf vier erhöht worden.

Bis 1998 waren alle Bereichszentralen mit insgesamt 13 Abfertigungsplätzen zusammen untergebracht. Eine Ausnahme bildeten bis zu diesem Zeitpunkt die 1982/83 hinzugekommenen Äste Pinneberg und Harburg mit je drei Plätzen, die sich in einem gesonderten Raum befanden. Diese konnten 1999 zu den übrigen Zentralen umgesetzt werden, da durch Verlegung der Abfertigungsplätze der Äste Poppenbüttel und Bergedorf in die neue Service-Leit-Zentrale genügend Platz in der alten ZZA entstanden war.

Ab 3. April 2000 ist mit schrittweiser Inbetriebnahme der „Selbstabfertigung durch den Triebfahrzeugführer“ (SAT) an weiteren Haltestellen die Anzahl der Abfertigungsplätze weiter reduziert worden.

Am 8. Februar 2006 wurde „Hauptbahnhof“ als letzte Station auf SAT umgestellt, gleichzeitig der letzte von ehemals fünf Bereichen der ZZA (ZZA City) außer Betrieb genommen und damit ein mehr als 27-jähriges Kapitel der Zugabfertigung beendet.

Service-Leit-Zentrale
Am 1. Juni 1997 wurde der erste Teil der neuen „Service-Leit-Zentrale“ ebenfalls in Altona in Betrieb genommen. Unter diesem Begriff ist die frühere Betriebsleitzentrale mit einem Teil der Zentralen Zug-Aufsicht und erheblich erweiterter Service- und Auskunftstechnik in neuen Räumen zusammengefasst worden, um den Informationsfluss der S-Bahn intern als auch zum Fahrgast künftig optimieren zu können.
Im ersten Bauabschnitt sind hier zunächst die Abfertigungszentralen der Streckenäste Poppenbüttel mit vier und Bergedorf mit drei Arbeitsplätzen untergebracht und später der Streckenabschnitt Bahrenfeld - Wedel von dort über einen Arbeitsplatz abgefertigt worden.

Es kamen völlig neu entwickelte Abfertigungstische in „Touch-Screen“-Technik zum Einsatz, von denen alle benötigten Funktionen durch Berührung bestimmter Felder auf den Monitoren programmgesteuert einfach abzurufen sind. Gegenüber den statischen Pulten mit elektromechanischen Tasten in der alten ZZA können bei dieser Technik Änderungen einfach und kostengünstig durchgeführt werden.

Funktionen, die auch im Störungsfall des rechnergesteuerten Teils der Abfertigungsanlage betriebsfähig bleiben müssen, beispielsweise die Lautsprecheranlage und der Zugfunk, sind über herkömmliche Tasten bedienbar. Die Züge erhalten dann mündlich über Zugfunk die Türschließ- und Abfahraufträge. Für den Fahrgast hörbares Merkmal der neuen Anlage war die Warndurchsage, bei der das Wort „bitte“ nun vor und nicht mehr nach dem „Zurückbleiben“ ertönt.

Die Betriebsleitzentrale selbst ist Anfang 2001 ebenfalls in die neuen Räume umgezogen hat damit die neue Service-Leit-Zentrale komplettiert.

Ein Arbeitsplatz war zu dieser Zeit als „Service-Tisch“ für das gesamte S-Bahn-Netz eingerichtet. Der dort tätige Mitarbeiter betreute die Fahrgäste und überwachte die technischen Einrichtungen auf den Haltestellen. Ab 1996 wurden auf allen Stationen zusätzliche zum Teil schwenk- und zoombare Kameras zur Überwachung der Zugänge, Aufzüge, Rolltreppen, Fahrkartenautomaten und Notrufsäulen installiert.

Bei Bedienung einer Notrufsäule schaltet die Anlage automatisch das zugehörige Bild auf einen Monitor, damit der Mitarbeiter die vorhandene Situation besser einschätzen kann. Außerdem erscheint gleichzeitig eine farbige, perspektivisch dargestellte Übersicht der betroffenen Haltestelle mit allen notwendigen Angaben, um gegebenenfalls erforderliche Hilfskräfte genau einweisen zu können. Über dieses Display ist im Bedarfsfall die Aktivierung weiterer Kameras möglich.

Weiterhin können Rolltreppen z.B. nach Bedienung des Nothaltes ferngesteuert wieder eingeschaltet werden, nachdem mit Hilfe der Kamerabilder überprüft wurde, ob sie frei von Personen sind.

Mit der schrittweisen Inbetriebnahme der „Selbstabfertigung durch Triebfahrzeugführer“ (SAT) auf allen Stationen wurden die bisher auch zur Zugabfertigung verwendeten Bedienpulte kontinuierlich zu „Servicetischen“ für die Fahrgastinformation im gesamten Streckennetz umgerüstet. Die reguläre Abfertigung eines Zuges ist künftig nicht mehr möglich; Im Bedarfsfall kann aber jederzeit die Abfertigung eines Zuges von diesen Arbeitsplätzen aus unterstützt werden, indem der Mitarbeiter z.B. einen durch den Lokführer nicht einsehbaren Teil des Zuges bei der Abfertigung mit beobachten kann.

Selbstabfertigung durch den Triebfahrzeugführer (SAT)
Vom 3. April 2000 (erste Station: Wellingsbüttel) bis 8. Februar 2006 (letzte Station: Hauptbahnhof, Gleis 3/4) wurden alle Stationen des S-Bahnnetzes auf diese neue Abfertigungstechnik durch Montage neuer Kameras und Infarotsender zur Übertragung der Kamerabilder auf den Führerstand der Triebzüge umgerüstet.

Alle Fahrzeuge der Baureihen 472 und 474 erhielten drei Farbmonitore im Führerstand, auf die Bilder der am Bahnsteig montierten Kameras übertragen werden.

Der Lokführer kann nun den Fahrgastwechsel beobachten und seinen Zug nach Erreichen der Abfahrtszeit selbst abfertigen. Die gegenüber der Zentralen Zugaufsicht von vier auf drei reduzierte Anzahl von Monitoren ist für die sichere Abfertigung ausreichend, da das Geschlossensein der Türen durch entsprechende Kontakte (sogenannte „Türstellungsmelder“) und nicht mehr rein optisch festgestellt wird. Die Abbildung der Züge auf den Monitoren erfolgt in der Regel mit drei Vollbildern oder ausnahmsweise mit zwei Vollbildern und einem Schnittbild. Jede Abfertigung wird aus Sicherheitsgründen elektronisch aufgezeichnet

Im Störungsfall dieses Systems fertigt der Triebfahrzeugführer den Zug vom Seitenfenster des Führerstandes ab und kann dabei von der Service-Leit-Zentrale in Altona unterstützt werden.